Udang merupakan organisme yang memiliki imun sistem yang masih sederhana atau tidak mempunyai sel memori. Akibatnya, tidak terdapatnya antibodi sebagai sistem pertahan tubuh.
Untuk itu, penting sekali melakukan berbagai tindakan pencegahan penyakit pada udang. Salah satu langkah pencegahan yang dapat dilakukan adalah monitoring keberadaan virus dan bakteri penyebab penyakit pada udang secara berkala. Monitoring ini dapat dilakukan sebelum benih tebar dan dalam siklus produksi dengan menggunakan metode PCR atau Polymerase Chain Reaction.
Pengenalan PCR
PCR adalah teknik laboratorium yang digunakan untuk memproduksi jutaan hingga miliaran salinan segmen DNA tertentu dengan cepat (amplifikasi eksponensial). PCR banyak digunakan untuk melihat potensi keberadaan sekuen DNA tertentu di dalam genom suatu organisme.
PCR ditemukan oleh Karl Mulis pada 1983 dan pada perkembangannya PCR sering digunakan di bidang medis, forensik, genetika dan studi biologi lainnya. Cara kerja PCR sama seperti replikasi DNA pada saat terjadi pembelahan sel. Dimana, terjadi pembukaan untaian ganda untuk memisahkan untai atas dan bawah, yang nantinya akan digandakan dengan bantuan enzim DNA polimerase setelah inisiasi cetakan oleh primer RNA.
Maka, prinsip kerja PCR terdiri dari tiga step; yaitu denaturasi (pemutusan untai ganda DNA), annealing (penempelan primer pada segmen DNA target), dan ekstensi (Sintesis untai DNA baru) (Gambar 1). Ketiga proses ini dilakukan secara berulang pada suhu-suhu yang sudah ditentukan dengan menggunakan mesin PCR atau mesin thermal cycler.
Pada satu reaksi PCR mengandung cetakan DNA, yaitu sumber DNA yang akan dianalisa atau sumber dari target DNA yang diinginkan. Kemudian primer, yaitu DNA sintetik yang menjadi inisiasi pelacakan DNA target yang akan diamplifikasi. Primers terdiri dari satu pasang yang akan menempel dimasing-masing untaian DNA.
Selain itu, satu reaksi PCR juga terkandung taq polymerase, enzim DNA polimerase yang berfungsi dalam pemanjangan sekuen DNA target (sintesis untai DNA baru). Lalu, dNTP (deoxyribonucleoside triphosphates), sumber nukleutida A, T, G, C yang dibutuhkan dalam sintesis DNA baru; serta larutan penyangga.
Peran PCR di Budidaya Udang
Seperti yang disebutkan diatas, PCR dapat melihat potensi keberadaan suatu DNA di dalam suatu sumber DNA dan seterusnya akan membuat miliaran salinan DNA dengan cepat. Di dalam proses PCR terjadi pengulangan proses sampai 35 siklus (atau lebih) sehingga keberadaan DNA bisa terdeteksi di awal, di tengah, atau di akhir siklus tergantung dari jumlah DNA target di dalam sumber DNA.
Tergantung dari jenis PCR yang digunakan, PCR dapat mendeteksi minimal 1-10 salinan (realtime-PCR) dan 100 salinan DNA (PCR konvensional) sehingga memungkinkan untuk mengetahui keberadaan bakteri dan virus penyebab penyakit pada udang dalam kondisi yang sangat sedikit. Hasil yang didapatkan dari PCR memiliki keakuratan 100% jika bahan dan prosedur yang digunakan sesuai.
Artinya, jika terjadi amplifikasi maka dipastikan ada DNA dari virus atau bakteri di dalam sampel PCR. Maka, PCR seharusnya dilakukan secara berkala baik di dalam hatchery atau di lingkungan budidaya sebagai langkah pencegahan dini.
Selengkapnya Baca di Majalah TROBOS Aqua edisi 143/ 15 April - 14 Mei 2024
